《灵飞经》的故事，承《昆仑》而启《沧海》，时代背景为明初“靖难之役”前夕，朱元璋当年在“西昆仑”梁萧的后人梁思禽的帮助下荣登帝位，但转过头来大肆屠杀功臣，并设计陷害梁思禽，梁思禽愤而远走，创立“西城”；另一方面，在海外孤悬着另外“东岛”的势力，原为朱元璋的盟友，后被朱元璋逼得远遁海外。